La Asociación Odontológica Panameña lleva a cabo todos los años una actividad científico-social denominada actualmente como Congreso Istmeño de Odontología. El 17 de enero de 1958 se celebró el Primer Congreso Dental Istmeño y la conmemoración de la Segunda Semana Odontológica Nacional con la participación de la AOP y la antigua Canal Zone Dental Society.
El Congreso Istmeño se celebra todos los años con excepción de los años en que Panamá sea la sede del Congreso de la Federación Odontológica de Centro América y Panamá FOCAP.
El Congreso Istmeño de Odontología es la máxima reunión científica de la Asociación Odontológica Panameña. Su propósito es de actualizar los conocimientos científicos, intercambiar ideas y experiencias, fortalecer los vínculos gremiales y personales entre colegas y el promover el contacto con los proveedores de la tecnología y productos médico-dentales.
Además de las sesiones científicas, el congreso cuenta con: temas libres, mesas clínicas, sesión de afiches, video científico, entre otros.